房地产开发企业在进行土地增值税清算之前，应当按照合理的方法估算每期应当计入营业税金及附加的土地增值税，按照权责发生制予以计提，但在计算当期的企业所得税时应当将只计提未实缴的土地增值税予以纳税调减。如此，极易发生如下情况，即房地产销售前期每期都是税务盈利，缴纳了当期的企业所得税，但在进行土地增值税清算当年形成税务亏损，有时甚至是巨额税务亏损。这种情况主要是由于会计与税务对土地增值税的处理原则不同造成的，会计讲权责发生制，但税务上对土地增值税的处理原则是收付实现制。

纳税人应当如实申报应缴纳的土地增值税税额，保证清算申报的真实性、准确性和完整性。税务机关应当为纳税人提供优质纳税服务，加强土地增值税政策宣传辅导。主管税务机关应及时对纳税人清算申报的收入、扣除项目金额、增值额、增值率以及税款计算等情况进行审核，依法征收土地增值税。